港澳台事务办公室是桂林医科大学制定与港澳台合作与交流规划、推动全校与港澳台地区大学和教育机构建立交流合作关系、协调与管理涉港澳台事务的办事机构。

主要职责包括：

一、学校涉港澳台地区教育合作与交流的规划、拓展、申报和协调；

二、学校涉港澳台地区事务的行文、归口管理和协调；

三、办理教职工和学生因公长、短期赴港澳台地区的相关手续；

四、港澳台地区来访邀请手续的办理和接待；

五、开展涉港澳台地区的教育文化交流；

六、港澳台地区学生的招生工作。